ci sono vari programmi che fanno quello che dici, senza indizi è difficile capire quale sia. Comunque di solito qualche traccia in giro la trovi. Intendo, prova a guardare nel menu dei programmi, leggiteli tutti e vedi se trovi qualcosa di "sospetto" ovvero che non conosci o che dal nome possa farti pensare che è lui.
Alcuni che fanno ste cose sono "COMODO Time Machine" oppure "Drive Vaccine" ma ce ne sono anche altri.
Se non dovessi trovare nessuna voce nel menu fai caso se ti compare qualche cosa mentre fai il boot del pc o mentre si sta restorando, perchè di solito ti fa vedere che sta lavorando al restore.
Se anche cosi non trovi niente, vedi se quando accendi il pc ti dice che puoi premere qualche combinazione di tasti per accedere ad un qualche setup... programmi com Comodo Time machine anche prima di caricare windows ti permettono di entrare nel setup per compiere alcune operazioni.
Anche andando in gestione periferiche, settando dal menu visualizza "Visualizza periferiche nascoste" e poi andando in "Driver non plug and play" può essere che ci trovi qualche driver filtro del filesystem che ti aiuta a capire di che si tratta, il problema è che li di nomi "fuffa" ce ne sono tanti quindi se non sei pratico ti ci perdi.
Prova anche nel pannello di controllo, dove disinstalli i programmi, magari li ci trovi quello responsabile di questa cosa.
Un altro posto dove puoi dare un occhio è nei servizi, o da pannello di controllo opure fai "esegui" e scrivi "services.msc" ti esce il pannello con tutti i servizi della macchina, ti leggi tutte le descrizioni e vedi se uno ti dice che fa quello che capita a te.
Se niente di tutto questo ti aiuta dovresti cercarti qualcuno che ne capisce che dia un occhio al tuo pc per indagare e vedere di che si tratta.