La differenza tra Local Machine e Current User è che il primo contiene i settaggi "validi per la macchina" ovvero indipendentemente dall'utente che ci si logga.
Il secondo invece sono i settaggi specifici per l'utente loggato.
Se provate a cambiare i settaggi con il vostro utente e poi vi loggate con un altro vedrete che in Current user i settaggi non ci sono piu, poi vi riloggate col vostro e come per magia sono tornati.
Comunque, belle le idee e i programmini fatti da se, ma se avete dei problemi con il pc (ad esempio da malwares vari) vi consiglio qualcosa di piu serio e professionale: AUTORUNS della SysInternals (ora MS).
Infatti ricordate che ci sono molti modi in cui i programmi possono partitre in automatico, non solo con la voce "run" del registro.
Il programma è free quindi potete scaricarlo tranquillamente.
Una piccola anteprima: